對于引起學校恐怖癥的原因，大多數學者認為，年幼兒童與分離性焦慮有關，年長兒童才是真正的學校恐怖癥。按照精神分析學說的理論，孩子拒絕上學與其說是害怕學校，不如說是害怕離開母親，所以是一種擔心分離的恐怖。
行為學派認為學校恐怖是一種反應性及操作性學習行為，在恐懼事物的經歷上學習而得。比如兒童遇到過分嚴厲的老師，在學校其他活動中的失敗，挫折后產生強烈的情緒反應，因為害怕再次面對或重新體驗這種痛苦，于是產生回避行為，寧愿呆在家里而拒絕去學校。
親子關系不正常，引起分離性焦慮導致學校恐怖癥常有四種情況；1.母親是慢性焦慮患者，希望子女留在家里陪伴自己。2.孩子擔心去學校后母親會遭到不幸，因此，自己要求留在家中。3.孩子擔心自己離開家后會受到意外傷害，覺得家里最安全故不愿去學校。4.父母害怕孩子在學校會遭到不測。
學校恐怖癥最直接的誘因常常是學習上的失敗及孩子在家庭中發(fā)生了某種重大的變故。可以根據這些原因進行治療。